2013年，学院与复旦大学、上海财经大学、华东政法大学、上海海事大学等高校签订合作协议，借助各高校的优质资源和相关专业建设发展的最新成果，推动海关及专业的发展，探索人才培养路径，与14个直属海关建立“上海海关学院实习基地”，与大中型知名企业合作共建18个校外实习基地。