镰仓时代的东京湾已经是主要通道。[[中世纪]]时，海盗活动频繁。到[[战国]]时代，东京湾则成为后北条氏与里见氏的海军的战场。江户时代，菱垣回船、樽回船等和船利用这个海湾进行海运。同时，由于江户幕府奉行闭关政策，为对付外国船只，就在湾内建筑了不少炮台（台场）以作湾岸防备，但最后东京湾亦成为[[美国海军]]将领马休·佩里与幕府谈判的场地。1858年，江户港、横滨港在日美修好通商条约中被开放 <ref>[https://zhuanlan.zhihu.com/p/36234621 世界级湾区的天时、地利与人和]，知乎</ref> 。

横滨港、东京港、千叶港、川崎港、横须贺港和木更津港全都处于东京湾之内。其中横须贺港为驻日美军及日本海上自卫队的基地 <ref>[https://www.sohu.com/a/138108803_685252 美国第七舰队据点，日本横须贺军港夜景照片曝光，战舰一览无余！]，搜狐，2017-05-04</ref> 。