带有反洋教、反侵略性质的东学倡导人人生来[[平等]]的思想，信徒众多，势力不断扩大，引起朝鲜封建统治者的担忧。由于东学也信奉天主，东学和天主教都被朝鲜朝廷视为邪教，遭到镇压。1864年4月15日，[[崔济愚]]被庆尚道观察使徐宪淳以左道惑民之罪处死。东学第二任教主崔时亨曾数次发起为教祖申冤、给东道教平反的请愿与起义，但无果而终。不过在控诉申冤运动中，以“讨倭斥夷”为旗帜的东学党开始形成。1893年东学教解散后，朝鲜朝廷对东学教徒的镇压有增无减，最终导致东学党起义的爆发。

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