新朝末年，刘秀起兵反新，刘祉兄弟相继率军加入，新朝前队大夫甄阜得知，将其家属逮捕关入宛县的监狱。刘秀军队在长安打了败仗，刘祉挺身退还保守棘阳，甄阜将刘祉家属母、弟及妻子全数杀害。刘玄登基为帝后，以刘祉为太常将军，封舂陵侯。后又封为定陶王。
更始刘玄向赤眉军投降后，刘祉于是逃亡投奔洛阳。在刘秀登基为帝后，在当时汉朝宗室只有刘祉先来投靠。建武二年（26年），封刘祉为城阳王，赐与乘舆、御物、车马、衣服等物，追谥其父刘敞为舂陵康侯。建武十一年（35年），刘祉病发身亡，时年43岁。死前上级城阳王玺绶，并愿意以列侯身份供奉在先人祭祀之中。后谥为恭王，安葬在洛阳北芒。