吳興祚，字伯成，号留村，浙江山陰縣人。清朝政治人物。
順治七年（1650年）貢生，時年十七歲。授江西萍鄉縣知縣，遷山西大寧縣知縣，升山東沂州知州，復坐事降補无锡縣知县。因为打击海盗有成效，被授任福建按察使。为清廷收复郑成功所占厦门、金门等地。於1682年2月1日－1689年8月8日期間，奉旨接替金光祖擔任廣東廣西總督。后遭到弹劾降职。吳興祚留下许多著作，包括《宋元聲律選》、《史遷句解》、《粵東輿圖》等。