大隅返國後回到母校[[東京大學]]，按照日本大學的制度，從1977擔任[[研究助理]]開始 ，1986 ，花了將近9年的時間，才在1986 年升 任上[[講師]] ，1988 。1988 年轉至[[教養學部]]（College of Arts and Sciences）[[生物系]]擔任[[助理教授]]，成立自己的研究室，'''這年他已43歲了'''。 他曾自嘲那是個「很小的研究室，只有3個人」 ，'''這年他已43歲了''' -- 在那個年紀，很多學者已升任正教授職位了，而他才升至最基屬的職位 。他在那裡蹲了4 年，做關於[[細胞液泡]]（vacuole）與[[囊泡]]（vesicle）的研究。

* 一直到1992 年，獨立發表了第一篇有關「[[ 細胞自噬]] 」的論文。然後利用[[ 「 酵母菌]] 」 陸續找到了一系列控制「[[ 細胞自噬]] 」的基因。

* 他隨後在1996 年離開[[ 東京大學]] ，轉至位於[[岡崎]]的[[國立基礎生物學研究所]]擔任教授，'''這年 他51 他巳51 歲了'''。他在這完成了許多重要的發現，直到2009 年退休。