长州藩是尊王攘夷运动的中心，代表人物有吉田松阴、高杉晋作、久坂玄瑞等，成员有各地武士，富商，农民，国学者，神官及倒幕派公卿等。1863年6月6日，幕府同意攘夷，6月24日通告闭港。翌日长州藩开始在下关海峡炮击外国船只，挑起下关战争。8月，英国军舰进攻萨摩藩，迫使后者投降屈服，转而支持公武合体。1863年，幕府及公武合体派发动八月十八日政变，自京都驱逐倒幕派和尊王攘夷派代表。1864年，长州藩军队开入京都，与幕府军队作战，史称禁门之变，最终战败，幕府则联合外国军队发动长州征讨，迫使长州藩放弃尊王攘夷运动。尊王攘夷派自此开始向倒幕派转化，为日后大规模倒幕运动埋下伏笔。