[[File:小魔女Doremi第四部06.jpg|250px|无框|左|[http://lineup.toei-anim.co.jp/ja/tv/doremi_D/episode/1/ （圖片來源）]]] 經過了一年的辛勞，五年級生的日子也過去了，Doremi、羽月、小愛、音符、小桃子五人成為美空第一小學的六年級生。一日，魔法堂突然發生了奇怪的震動，一陣騷動過後，眾人發現魔法堂不知道給何人改頭換面過來...翌日，眾人回校上課，有一個奇怪的女孩在6年1組的教室裡，Doremi和小桃子走過去時，突然那女孩撲向Doremi那裡並大叫「媽媽！」，令班上引起了一陣騷動，Doremi跟桃子拖那女孩至樓梯間盤問，原來那女生正是魔女嬰兒小花！原來小花因思親過度，動用魔法把自己變成了12歲的女生模樣，結果小花頭上的水晶破裂了，失去了魔女的資格。[[File:小魔女Doremi第四部07.jpg|250px|无框|右|[http://lineup.toei-anim.co.jp/ja/tv/doremi_D/episode/4/ （圖片來源）]]] 女王把自己的水晶弄碎並分給小花和Doremi她們，小花如要恢復魔女資格,要通過一級魔女測試。原本成了真正魔女的她們，只好以魔女見習生身份陪伴著小花，小花的變身方法是用鏡盒的，與Doremi她們不同。協助小花的同時，她們以為先代女王的怨念儘管已得到了解放，但原來她的憎恨還沒完全消除，她利用長在蔓藤上的黑色玫瑰展開襲擊，為了令蔓藤消失，小魔女們必須製造出一件接一件的幸福織物，以改變歷史，從而慢慢的化解先先代女王對人類屯積以久的憎恨，同時亦會揭開女王和先代女王的種種秘密，解開魔咒。最後，一切也彷如夢般要結束了，也是Doremi她們小學生活的最後一年，將面臨畢業典禮而分開，Doremi、羽月、小愛、音符、小桃子五人會怎樣選擇自己未來的路？<ref>[https://forum.gamer.com.tw/G2.php?bsn=1130&sn=136　小魔女DoReMi第四部劇情大綱]</ref><br style="clear:both;">