病因可能是病毒或細菌感染，以病毒引起居多，像是[[冠狀病毒]]、鼻病毒、腺病毒、 [[ 流行性感冒 ]] 病毒、副流行性感冒病毒、[[腸病毒]]等，若是細菌則以 A 族[[鏈球菌]]最常見。 <ref>{{Cite journal | author = 林志勳 | title = 慢性扁桃腺炎徹底根除，必要時可以手術治療| journal = 奇美醫訊| year = 2019 |issue = 126 | pages = 20 - 21 }}</ref>