文昌鱼为雌雄异体。生殖腺附生于围鳃腔两侧的内壁上，是26对左右厚壁的矩形小囊，性成熟时可根据 [[ 文昌鱼 ]] 的精巢为白色或 [[ 卵巢 ]] 呈现淡黄色进行雌雄鉴别。文昌鱼在6～7月产卵，通常产卵和受精都在傍晚进行。卵小而含卵黄少，为均黄卵（isolecithal egg），卵径0.1mm～0.2mm。成熟的 [[ 精子 ]] 和 [[ 卵 ]] 都是通过 [[ 生殖腺 ]] 壁的破口释出，坠入围鳃腔，再随同水流由腹孔排出，在海水中完成受精作用。