现发现最古老的日本人人骨，大约属于2万年前至3万年前的[[冰河期]]时代。一般认为[[绳文人]]最早于冰河期时代到达日本列岛。根据一份由2013年由日本的遗传学家神泽秀明（Hideaki Kanzawa）的研究，绳文人与大洋洲的[[巴布亚人]]与[[美拉尼西亚人]]在[[遗传因子]]上最为接近。而且，绳文人和大洋洲的诸民族都有与[[丹尼索瓦人]]混血的相似性，这也间接的証实了[[绳文人]]、大洋洲诸民族与[[澳洲人种]]（如矮黑人）间的共同关系。冰河期时代的[[北海 (大西洋)|北海]]被冰所覆盖，于库页岛、北海道、日本列岛间进行移动明显是可行的 。另外，由渡过南海而来的[[南岛语族]]与[[越人]]、[[西南夷]]，把中国长江下流域开始的[[照叶树林文化]]（烧垦文化）与水稻带来（日本人鸟越宪三郎认为倭人来自云南[[傣族]]、[[彝族]]、[[哈尼族]]，诹访春雄认为倭人是越人一支） 。

另外，由渡过南海而来的[[南岛语族]]与[[越人]]、[[西南夷]]，把中国长江下流域开始的[[照叶树林文化]]（烧垦文化）与水稻带来（日本人鸟越宪三郎认为倭人来自云南[[傣族]]、[[彝族]]、[[哈尼族]]，诹访春雄认为倭人是越人一支）。 [[File:日本人2.jpg|缩略图|左|日本人：[[日本]]，是一个没有思想传统结构的国家，决定要不要一个东西，就是看它符不符合现实需要。只对比他强的人、对他有利的人微笑。这，就是[[日本人]]的礼貌。]]其后，绳文末期、[[弥生时代]]开始，有由[[朝鲜半岛|朝鲜]]与中国长江中下游、胶东半岛方面移居日本列岛的[[新蒙古人种]]（[[弥生人]]）。渡过南海而来的[[南岛语族]]与[[越人]]、[[西南夷]]，把中国长江下流域开始的[[照叶树林文化]]（烧垦文化）与水稻带来（日本人鸟越宪三郎认为倭人来自云南[[傣族]]、[[彝族]]、[[哈尼族]]，诹访春雄认为倭人是越人一支）随著渡来人（弥生人）自北九州对于绳文人居住地的扩张，而根据对现代日本人的[[遗传因子]]的研究，弥生人直接来自于朝鲜半岛的移民。因为，日本人与韩国人的Y染色体DNA单倍型类群，具有极高的一致性，如高比例的单倍型类群O-M176及一定比例的单倍型类群C-M130。   而单倍型类群O-M176在中国大陆的南北方都是不常见的Y染色体DNA单倍型类群。关西一帯的日本人由于邻近朝鲜半岛，弥生人在[[遗传因子]]上的影响较大。关东的日本人，虽然弥生人在[[遗传因子]]上的影响仍旧较大，但[[绳文人]]也对[[遗传因子]]有显著的影响弥生人与绳文人不断反复混血形成日本人。最后，日本历史上的绳文人如虾夷族渐渐融合成大和民族的一分子。少数虾夷族只能退居东日本的边陲地道与北海道（[[隼人]]则残留在[[南九州]]一带）。