崇禎十一年，曹化淳因病向崇禎帝連上三疏，乞准告假。崇禎十二年二月，曹化淳才蒙允還鄉。<ref name=“kk0">{{cite web |url=https://kknews.cc/history/5laryn6.html | title= 明一太監被歷史醜化，他統領的軍隊未嘗敗績，若鎮守京城恐無清朝 | language=zh | date=2018-03-21 | publisher=每日頭條 | author= | accessdate=2019-03-07}}</ref>

同年六月清軍入關進京，建立清朝。時崇禎帝尚未獲葬，曹化淳由家急赴京都，連續三次上疏清順治帝，請妥懷宗（贈崇禎皇帝之廟號）皇帝與后妃陵寢，並多方奔走，且親為崇禎帝服侍入殮。時人均稱化雨忠貞、悉瀝肝膈。