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在1983年召开的第六届全国人大第一次会议和1988年召开的第七届全国人大第一次会议上，他被任命为国家军委副主席。在1989年11月中共十三届五中全会上，他完全赞成邓小平的意见，维护和支持以[[江泽民]]为核心的第三代中央领导集体，对以邓小平为核心的第二代中央领导集体向以江泽民为核心的第三代中央领导集体顺利过渡，发挥了重要作用。在这次中央全会上，他被任命为中央军委第一副主席，协助中央军委主席江泽民主持中央军委的日常工作。他认真贯彻党中央的指示精神和中央军委主席的意图，兢兢业业地组织和实施军队各方面的工作，保持了军队建设的连续性和稳定性。

杨尚昆坚决贯彻党中央关于“和平统一、一国两制”的方针，积极开展对台湾当局和台湾人民的工作，以各种方式推进祖国的和平统一事业<ref>[http://paper.people.com.cn/rmrb/html/2007-07/21/content_13456281.htm 在纪念杨尚昆同志诞辰一百周年座谈会上的发言]，人民网，滕文生，二〇〇七年七月二十日</ref>。他广交朋友，团结和争取大量港、澳、台和海外爱国知名人士。他在会见这些人士时指出：[[海峡两岸]]虽然因历史原因隔绝了几十年，但祖国的统一是大势所趋、人心所向，[[台湾]]的出路在于[[祖国统一]]，“一国两制”是实现祖国统一的最好办法；如何实现“一国两制”，应由国共两党平等地坐下来商谈。他呼吁[[台湾]]当局顺应民心，以实际行动化解敌意，消除障碍，促进两岸人员交往和经济合作，使两岸关系有一个新的发展。他的讲话，在海内外产生了广泛影响。 1988年4月，在第七届全国人大第一次会议上，杨尚昆当选为中华人民共和国主席。他不辞辛劳，深入调查研究，坚持到工厂、农村、部队、建设工地和经济开发区视察，关心人民群众疾苦，广泛听取干部群众和各界人士意见，了解经济发展和改革开放的进程，指导工作，解决问题。