除了[[球囊菌门]]与[[微孢子虫]]外，其他门的真菌都可透过[[减数分裂]]产生配子、进行有性生殖（且[[基因组]]分析显示球囊菌门与微孢子虫的真菌应该也能进行有性生殖，只是尚未观察到）。真菌有性生殖的过程与动物、植物相当不同，而不同真菌间特化来进行有性生殖的结构也有差异，是鉴定真菌物种的重要依据，而拿不同真菌进行交配实验，观察两者能不能形成子实体，可以透过生物物种概念（biological species concepts）以两者能不能成功交配、交配产生的子代有没有生殖能力来判断它们是不是同一物种。主要的生物类群早期都是以有性生殖特化的结构与孢子差异来描述、区分的，例如产生[[子囊]]的[[子囊菌门]]与产生[[担子]]的[[担子菌门]]。有一些物种还有交配型之分，必须不同交配型的两个体才可以交配（heterothallic），其他物种则可以和所有个体交配，甚至自交产生孢子（homothallic）。

[[Category:379 菌藻植物門]]