天启初(1621），任职方郎中，日理多事，井然有序。后任陕西参议，遵化兵备副使。其时，巡抚让其呈文建魏忠贤生祠。耿如杞坚决不从；中使悬魏忠贤像于中堂，率官员参拜，耿如杞仍不从。他说：“我头可断，膝不可屈。况且我先祖因弹劾奸臣而获罪。如果膝一屈，我有何面目入先祖墓地呢！”魏忠贤即令将耿如杞逮捕，诬陷得赃款6300金，定为秋后问斩。将行刑，熹宗崩，思宗即位，奸臣魏忠贤伏法。耿如杞获赦，升任太仆寺卿、右佥都御史，山西巡抚。崇祯二年(1629），后金军自喜峰口入，掠扰京畿。耿如杞率领雄兵五千保卫北京。由于魏忠贤余党从中作梗，屡次变更其驻地，不发军饷，致使士兵哗变。思宗下旨将其逮捕。崇祯四年(1631），斩于西市。后，福王即位(1644年）其子章光上 书鸣冤，耿如杞被平反昭雪，加封左佥都御史。著有《与争录》、《楯墨延枝议》及《抚晋疏稿》等。

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