[[2016年高雄美濃地震]]造成臺南市受災嚴重後，日本中央與地方政府與民間亦提供支援。<ref>{{cite web|url=http://www.setn.com/News.aspx?NewsID=123223|title=安倍晉三：日本將提供台灣任何必要支援|work=[[三立新聞]]|date=2016-02-06|language=zh-tw}}</ref><ref>{{cite web|url=http://www.peoplenews.tw/news/bbb79284-adf5-40db-a6a6-5a5e55d26f79|title=兄弟，謝了！日本宣佈：透過紅十字會捐百萬美元助台南|work=[[民報 (2014年)]]|language=zh-tw|date=2016-02-08}}</ref><ref>{{cite web|url=http://www.thenewslens.com/post/282696/|title=南台灣地震死亡人數續增 賴清德：待救人數逾百位 望日搜救隊協助|date=2016-02-07|work=關鍵評論網|language=zh-tw}}</ref>
=== 第二任市長時期 ===
2014年，台灣舉行[[2014年中華民國地方公職人員選舉|2014年九合一選舉]]，賴清德亦參加臺南市市長選舉，尋求連任。其以「清廉勤政、傳承創新」為競選主軸，稱自己要打一場進步、負責任、正面的選戰，其中進步的選戰包括「不設競選總部」、「不立看板」、「不插旗幟」、「不用宣傳車」及「市政不中斷」等策略。當時，[[臺北市市長]]候選人[[柯文哲]]同為原先從醫而參選，民間也稱賴清德與後者為「南仁醫、北怪醫」。
2014年11月29日投票結果，賴清德以得票71萬1557張、六都最高72.9%的高得票率創下台南市紀錄，連任並當選第二屆台南市長；此得票率更是台灣自1987年[[臺灣解嚴|解嚴]]後的歷次縣市長、直轄市長選舉結果中最高者。 <ref>[http://www.cna.com.tw/news/aipl/201411290341-1.aspx 賴清德得票率逾7成 刷新紀錄]，中央社，2014年11月29日</ref><ref>[http://www.cec.gov.tw/zh_TW/TC/nm500000000000000.html 中選會] {{webarchive|url=https://web.archive.org/web/20141202045149/http://www.cec.gov.tw/zh_TW/TC/nm500000000000000.html |date=2014-12-02 }}</ref>賴清德曾表示，若競選台南市長連任成功，將做滿4年任期。<ref>[http://www.cna.com.tw/news/aloc/201406090097-1.aspx 賴清德：若連任成功 做滿4年]</ref>惟其當選之後並未遵守此諾言（參看[[賴清德#行政院長|行政院長]]一節）。
{{2014年中華民國直轄市長選舉/臺南市}}
=== 任內事件 ===