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蛋白酶（英語：protease）是生物體內的一類酶（酵素），它們能夠分解蛋白質。分解方法是打斷那些將氨基酸連結成多肽鏈的肽鍵。

蛋白酶是重要的工業酶，佔全球總酶銷售量約六成，其中七成用於工業用途的蛋白酶用於食品發酵等方面，例如酸性蛋白酶用於傳統發酵食品和調味品的生產及催化酪蛋白沈澱；中性蛋白酶因能夠去除水解產物的苦味而令醬油脫苦；鹼性蛋白酶應用於食品烘烤等方面，因為能夠有效提高生麵團的延性和韌性，並且增強麵包的起泡性。

蛋白酶的分類及作用位點參考下表：

蛋白酶	分類	作用位點	已知抑制物
氨基肽酶	金屬蛋白酶	帶有自由氨基的L-氨基酸氨基末端；不能分解由X-Pro、·D或·Q組成的肽鍵	2，2，雙吡啶，1．1()-菲咯啉
菠蘿蛋白酶	巰基蛋白酶	無特異性	α2巨球蛋白，TPCK，TLCK，烷化
羧肽酶A	鋅金屬蛋白酶	帶有自由氨基酸的L—氨基酸羧基端；不能分解R、P或羥脯氨酸	EDTA，EGTA
羧肽酶B	鋅金屬蛋白酶	K，R羧基端	EDTA，EGTA，鹼性氨基酸
羧肽酶Y	絲氨酸羧肽酶	氨基酸羧基端	PMSF
組織蛋白酶C	琉基蛋白酶	氨基端雙肽，可通過K，R或P氨基端作為第二或第三個氨基酸封閉	醋酸碘，  甲醛
胰凝乳蛋白酶	絲氨酸蛋白酶	在F，T或Y之後	抑肽酶，PMSF，TPCK，α—巨球蛋白
膠原酶	金屬蛋白酶	在P-X-G-P肽鏈中X之後	EDTA，EGTA，還原劑，但無血清存在
dispase	金屬蛋白酶	無特異性	EDTA，EGTA，Hg2+，重金屬
內肽酶Arg-C	絲氨酸蛋白酶	在R之後	α巨球蛋白，TLCK
內肽酶Asp-N	金屬蛋白酶	在D和半胱氨酸之前	EDTA，α菲咯啉
內肽酶Glu-C	絲氨酸蛋白酶	在E或D之後	α巨球蛋白，TLCK
內肽酶Lys-C	絲氨酸蛋白酶	在K之後	TLCK，抑肽酶，抑蛋白酶醛肽
腸激酶	絲氨酸蛋白酶	在D-D-D-D-K-肽鏈中K之後
Xa因子	絲氨酸蛋白酶	在R之後	PMSF，APMSF，大豆胰蛋白酶抑制物
無花果蛋白酶	琉基蛋白酶	無特異性	TPCK，TLCK，α-巨球蛋白
激肽釋放酶	絲氨酸蛋白酶	在一些R之後	抑肽酶，抑蛋白酶醛肽
木瓜蛋白酶	巰基蛋白酶	長期孵育時具有廣泛特異性	TPCK，TLCK，抑蛋白酶醛肽α—巨球蛋白，烷化劑
胃蛋白酶	酸蛋白酶	廣泛特異性	胃蛋白酶抑制素
纖溶酶	絲氨酸蛋白酶	在K或R之後	PMSF，TLCK，抑肽酶，α—巨球蛋白
鏈霉蛋白酶	混合型	無特異性	B．M．完整藥片
蛋白酶K	絲氨酸蛋白酶	廣泛特異性	PMSF，PefablocSc
枯草桿菌蛋白酶	絲氨酸蛋白酶	無特異性	PMSF，α巨球蛋白，苯甲脒
熱溶素	鋅金屬蛋白酶	在非極性殘基之前	EDTA
凝血酶	絲氨酸蛋白酶	在K之後	TLCK，PMSF，抑蛋白酶醛肽
			抑肽酶，α巨球蛋白，苯甲脒
胰蛋白酶	絲氨酸蛋白酶	在K或R之後	TLCK，PMSF，抑蛋白酶醛肽抑肽酶，α巨球蛋白

主要用途

蛋白酶還可用於蠶絲脫膠、肉類嫩化、酒類澄清。臨床上可作藥用，如用胃蛋白酶治療消化不良，用酸性蛋白酶治療支氣管炎，用憚性蛋白酶治療脈管炎以及用胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶對外科化膿性創口的淨化及胸腔間漿膜粘連的治療。加酶洗衣粉是洗滌劑中的新產品，含鹼性蛋白酶，能去除衣物上的血漬和蛋白污物，但使用時注意不要接觸皮膚，以免損傷皮膚表面的蛋白質，引起皮疹、濕疹等過敏現象。

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