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羊卓雍错的湖盆非常不规律，呈现槽谷形，大致自西北至东南方向延伸。湖岸线曲折，湖泊周长大约400公里。羊卓雍错的湖体北部较深，在扎马龙以东最深达55米。流入羊卓雍错的主要支流自西、南至东，依次为[[嘎马林曲]]、[[卡洞加曲]]、[[林清曲]]、[[香达曲]]、[[浦松曲]]、[[卡鲁雄曲]]。羊卓雍错流域北部的支流河较短、水量较小，大部分属于季节性冲沟。羊卓雍错流域内的冰川面积达111.6平方公里。该流域四周有许多水系分离的封闭湖泊，是藏南内陆湖泊最集中的地区。<ref name=xzzx/>

羊卓雍错内共有5座岛屿，面积最大的约18平方公里，最小的3000平方米。岛屿根据各自形状而被取名为“色朵”（[[犀牛]]岛）、“雍布朵”（鹿母子岛）、“格莫日朵”（老狐狸岛）、“那亚朵”（盘羊岛）等等。岛上有[[天鹅]]、[[黄鸭]]、[[水鹰]]、[[水鸽]]、[[鹭鸶]]、[[黑颈鹤]]、[[沙鸥]]、[[斑头雁]]、[[白鹭]]、[[雪鸡]]等30多种鸟类，是藏南最大的水鸟栖息地。羊卓雍错流域的动物种类丰富，有[[雪豹]]、[[盘羊]]、[[水獭]]、[[猞猁]]、[[野驴]]、[[黄羊]]、[[岩羊]]、[[獐]]等国家保护动物。羊卓雍错盛产[[高原裸鲤]]、[[细鳞条鳅]]，种类单一，但数量非常多，故羊卓雍错被誉为“西藏鱼库”。<ref name=xzzx/>