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杭州东站采取上进下出的模式，到站内候车需要到地上二层的高架层，从一楼到二楼，步行可以通过手扶电梯；如果开车则要走车行通道，整个候车大厅都围绕有车行通道及落客平台。候车大厅共有28个检票口以南北各半分布，共服务28个站台(15个站台面)，每个检票口供两个站台使用。杭州东站支持站内换乘，换乘旅客到站后可手持车票根据指示牌和工作人员指引，直接由检票口逆向进入候车室。候车室的东西侧设有两个夹层，内设有办公室和洗手间，夹层上方是商业区域：有各类快餐、便利店企业进驻。候车层有3个售票厅，共计有12个人工售票窗口和51台自动售票机分布在候车层的南北两侧，能照顾到来自各个方向的旅客。

地下一层即为出站层，乘客到达目的地后从站台通道便可下到出站层。这一层预留了出租车候客区，在出站大厅南北两侧的位置，另外在东广场方向设立公交车换乘点，乘客不出站就能够换乘公交车或出租车，实现零换 乘。此外，杭州地铁也在到达层设置了城站站的出入口。到达层设有两个售票处，乘客可以在此进行车票的购买和互联网购取票服务。到达层东西两侧各设交通换乘中心，可根据指示牌换乘不同交通工具。