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根据2017年7月学校官网显示，学校机关设四部、8个专业院系和研究生院，下辖三所附属医院，其中第一附属医院（空军军医大学西京医院）、第二附属医院（空军军医大学唐都医院）是全国一流的现代化综合性医院，第三附属医院（空军军医大学口腔医院）是全军唯一的口腔专科医院。