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学校前身为中央大学（创建于1902年）森林系和金陵大学（创建于1910年）森林系，1952年合并组建的[[南京林学院]]，是当时全国仅有的三所高等林业院校之一 <ref>[https://www.sohu.com/a/240787764_100684 这4所双非院校，居然有多个A+学科，实力绝对不输985]，搜狐，2018-07-12 </ref> 。1955年华中农学院林学系（[[武汉大学]]、南昌大学和湖北农学院森林系合并组成）并入，1972年更名为南京林产工业学院，1983年恢复南京林学院名称。

截至2015年12月，学校拥有国家级[[特色]]专业建设点6个 <ref>[https://www.gk100.com/read_4624.htm 南京林业大学国家级一流本科专业有哪些？附双万计划名单]，高考100，2020-02-18 </ref> ，省级品牌特色专业16个，江苏高校[[品牌]]专业4个；拥有国家级人才培养模式创新实验区1个，省级人才培养模式创新实验基地1个；[[国家级精品课程]]3门，教育部精品视频公开课和精品资源共享课程4门，省级精品（优秀）课程及课程群30门；国家级实验教学示范中心2个，国家级虚拟仿真实验教学中心1个，省级实验教学示范中心16个。