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中国科学院上海有机化学研究所（英语：Shanghai Institute of Organic Chemistry, Chinese Academy of Sciences），简称上海有机所，是中华人民共和国一家主要关注有机化学的专业研究机构，是中国科学院直属正局级单位，其前身为1928年正式创立于上海的国立中央研究院化学研究所。中国科学院“率先行动”计划将上海有机化学所定位为卓越创新中心。