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1946年1月19日，经盟国授权，驻日盟军最高统帅麦克阿瑟颁布了《特别通告》及《远东国际军事法庭宪章》，宣布在东京正式成立远东国际军事法庭，审判日本战犯。
1946年4月29日，远东国际军事法庭对东条英机等28名甲级战犯正式起诉 <ref>[http://mini.eastday.com/a/180429073153193.html 历史上的今天，1946年4月29日，远东军事法庭接受对战犯的起诉]，东方资讯，2018-04-29</ref> 。5月3日，法庭召开第一次公开会议，开始审理东条英机等战犯的罪行。3日至4日，首席检察官宣读42页的起诉书，历数了自1928年1月1日至1945年9月2日期间，被告所犯的反和平罪、战争罪和违反人道罪等。
东京审判从1946年5月3日开始、到1948年11月12日结束，前后持续两年多，共开庭818次，有419名证人出庭作证，受理证据4336份，英文审判记录48412页。从1948年11月4日起宣读长达1231页的判决书，到12日才读完。
东京审判审理过程中，盟国并没有以战胜国的姿态对战争罪犯作出主观、武断的判决，而是以国际法为根据，在大量的人证、物证的基础上，在给予战犯以充分的自我辩护的基础上作出法律判决。东京审判不仅从法律的角度认定了日本发动的对中国、东南亚和美英等国战争的侵略性和非正义性，而且通过审判日本主要战犯，公开揭露了日本军国主义者的战争暴行，尤其是侵华14年间在中国所犯下的罪行。
东京审判是一场严肃、正义的审判，它惩罚了战争罪犯，维护了国际法的尊严，为人类和平事业的发展做出了重大贡献，具有划时代的意义 <ref>[http://opinion.china.com.cn/opinion_28_136028.html 东京审判的历史意义]，观点中国 ， 2015-8-21</ref> 。
由于历史条件的限制，东京审判也存在着不足之处。一是审判虎头蛇尾，留下了许多政治后患。由于战后国际形势和美国远东政策的变化，东京审判只对28名甲级战犯进行了审理和判决，对已经逮捕的其他90名重要战争嫌疑犯陆续予以释放，致使这些在策划、发动侵略战争中担负主要或重要责任的战争嫌疑犯再次回到社会，继续在日本政治生活中占据重要地位、发挥重要影响。二是没有追究日本天皇的战争责任，从而造成日本一些政治势力和民众长期拒绝对战争进行深刻反省和忏悔，政治上长期右倾化。
除东京审判外，盟国还在南京、马尼拉、新加坡、仰光、西贡、伯力等地，对乙、丙级战犯进行了审判。据统计，被盟国起诉的日本各类战犯总数为5423人，被判刑者4226人，其中被判处死刑者941人。