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2014年12月25日舉行市議會正副議長選舉，臺南市議員57席中，民進黨有29席、國民黨16席、無黨籍11席、台聯1席，綠營實質過半，控制市議會的民進黨推舉的人選理應成為議長，但此屆議長選舉的結果卻由[[中國國民黨]]籍的[[李全教]]當選，讓賴清德質疑李氏[[賄選]]，並批評少數民進黨成員接受賄賂<ref>{{citenews|url=http://news.ltn.com.tw/news/focus/paper/842177|title=綠跑票 6都議長只拿下高市|date=2014-12-26|publisher=自由時報|language=zh-tw}}</ref> 。

2015年1月15日，市議會召開第一次臨時會，為抗議賄選案，賴清德與市府官員全員缺席。有國民黨籍市議員批評：「由台南市民高票選出的政府首長卻因議長的司法個別案件，率性而為不理市政」；兩次臨時會都只有國民黨籍市議員出席，且出席的議員們皆指責市府藐視法治，甚至有議員建議李全教與賴清德雙雙請辭謝罪<ref>{{citenews|url=https://tw.news.yahoo.com/%E5%8D%97%E5%B8%82%E8%AD%B0%E6%9C%83%E8%87%A8%E6%99%82%E6%9C%83-%E8%B3%B4%E6%B8%85%E5%BE%B7%E8%88%87%E5%AE%98%E5%93%A1%E5%85%A8%E9%AB%94%E7%BC%BA%E5%B8%AD-024340804.html|title= 南市議會臨時會 賴清德與官員全體缺席|date=2015-01-15|publisher=中廣新聞網|language=zh-tw}}</ref>。，[[李全教]]則指責賴清德是一個「民主笑話」。<ref>[http://www.ettoday.net/news/20150117/452682.htm 批賴清德「民主笑話」！李全教：跟馬英九有什麼兩樣 ETtoday政治新聞 ETtoday 新聞雲]</ref><ref>[http://news.ltn.com.tw/news/politics/breakingnews/1207478 李全教批賴清德：根本就是民進黨的馬英九 - 政治 - 自由時報電子報]</ref><ref>[https://www.youtube.com/watch?v=vOIFMrRIZ20 【東森新聞HD】李全教批賴清德自私無情 跟馬沒啥兩樣 - YouTube]</ref>