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寺庙初建时，有喇嘛百余，房屋不多，经济能力也薄弱，在蒙古法王契克阿登和云南丽江的纳西族土司帮助和扶持下，才又修建了大招殿、吴王殿。随着寺庙的日益发展和兴盛，在阿扎活佛任堪布时，又修建了顶上大殿，寺庙才初具规模。清道光十八年（1838）降生于我县的昂旺罗绒益西登地吉成曾为十一世达赖喇嘛转世灵童之一，因金瓶制签落选，被册封为理塘“香根”活佛，在哲蚌寺获得格西学位后，任长青春科尔寺第五十一任堪布，临终前被十三世达赖土登嘉措册封为康南最高活佛，并授权统管康南教务。此时，香根活佛名震康南，香根之名也在该寺历代冠用。民国二十年（1931）二世香根昂旺罗绒登增次来嘉措大兴土木，在到处讲经募化筹集资金的同时获得西藏地方政府经济上的支持，扩大了顶上大殿，维修了吴王殿及除大招殿两处的公房。为巩固和扩大理塘寺在康南的力量，二世香根在政治、经济、文化等方面采取了一系列的措施。尤其在政治上采取了“郭睦友邻、亲汉近藏”之政策，使理塘寺在各方面都得到迅速发展，就连国民政府西康省主席刘文辉也曾送茶叶500驮。驻理化曾言枢于1941报请西康省政府批准，在寺内成立了“调解委员会”，使该寺获得了司法权的合法行使，并于1944年伙同部属史建候在寺内建立了汉僧院。