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　　2003年，美国入侵伊拉克，安南呼吁英美两国不要在没有联合国的同意下出兵。2004年，安南宣布美国对伊的入侵和占领都是非法的，但在此期间，媒体爆出安南的儿子利用伊拉克“石油换食品计划”-的丑闻。

　　安南支持派驻联合国维持和平部队往苏丹，他也着手推动一些关于女性权利的工作。于2006年12月31日退休，之前的同年9月，安南发表离职宣言，当中提到当今世界两项最值得关注的问题是非洲的暴力-和阿拉伯与以色列之间的种族冲突。<br>

　　2012年2月23日，他出任联合国与阿盟联合特使，到叙利亚等国展开斡旋行动，以解决叙利亚危机，并提出了安南六点和平计划。2012年8月31日任期结束。