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政權鼎革後，錢謙益的行為自然受到士林人士的非議，而他本人對此也是心知肚明，但覆巢之下，想活命有時候不得不做出痛苦而屈辱的選擇。錢謙益的選擇，在明末清初那個天崩地裂的時代，是有很多因素促成的，後人很難以「忠奸」進行簡單的劃分。黃宗羲儘管自己不忘舊朝，參加過抗清戰爭，失敗後隱居著書，堅決不出仕，但他對錢謙益，一直抱有理解的尊重 。 錢謙益迎娶柳如是後，兩人住在半野堂，家有著名的藏書樓絳雲樓，裏面的藏書十分豐富，因此黃宗羲常來拜見錢謙益並在他家看書，錢謙益對黃也十分優待，約他為晚年看書的伴侶。有一次黃宗羲住在錢家，將要睡覺的時候，錢謙益提着燈籠來找黃宗羲，送他一些金銀，說這是夫人柳如是的主意。錢、柳擔心黃宗羲以後不來錢家陪他讀書，柳如是愛憐天下才士的風采由此可見一斑。後來絳雲樓毀於火災，黃宗羲深以為憾。 [[陳寅恪]]在《柳如是別傳》中考證此乃黃宗羲前來延請錢謙益去浙江金華，說服擁兵駐紮該地的[[馬進寶]]反清復明。柳如是久懷復明之志，極力促成牧齋金華之行。此可為一說。錢降清後，確實有過不忘舊朝甚至為反清暗中籌劃之舉，[[黃毓琪]]起兵東南反清，頃刻敗亡，錢謙益被牽連，幸得柳如是四處奔波，運動降清漢族新貴斡旋庇護，方得解脫；[[鄭成功]]艦入長江，劍指[[金陵]]，陳寅恪認為錢、柳也為鄭暗中出力。這些是否是定論先不予置評，但像錢謙益這樣深荷前朝恩惠的文壇領袖，不在乎自己的清名是不可能的，希望暗中相助復明事業，事成後洗刷恥辱，完全可以理解。他最得意的弟子[[瞿式耜]]跟隨[[永曆帝]]漂泊西南，支撐殘局，深受重用，對牧齋不能沒有影響。 陳寅恪針對清修《四庫全書》中有人指責錢謙益「首鼠兩端，居心反覆」，為其辯解道：「牧齋之降清，乃其一生污點。但亦由其素性怯懦，迫於事勢所使然。若謂其必須始終心悅誠服，則甚不近情理。」錢謙益以一手無縛雞之力的文人不得已降清，和擁有勁旅而主動開門迎賊的[[吳三桂]]還是有區別的 。<ref name="kk"/>