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1. 克隆到shRNA表达[[载体]]中的shRNA包括两个短反向重复序列，中间由一茎环(loop)序列分隔的，组成发夹结构，由pol Ⅲ启动子控制。随后再连上5-6个T作为RNA聚合酶Ⅲ的转录终止子。
2. 两个互补的寡核苷酸两端须带有限制性酶切位点。<ref>[http://www.360doc.com/content/18/0126/21/50153987_725362616.shtml http://www.360doc.com/content/18/0126/21/50153987_725362616.shtml shRNA跟siRNA的区别], 个人图书馆 , 2018-08-19</ref>
3. Stratagene发现29个寡核苷酸较之原先推荐的23个[[寡核苷酸]]可以更有效地抑制目的基因。