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自创刊以来，始终以迅速反映上海师范大学理工科各学院、系科的最新科研成果，积极促进国内外学术交流为宗旨。进入21世纪后，《上海师范大学学报（自然科学版）》认真贯彻国家颁布的一系列与出版、编辑业务相关的法定技术标准，严格 执行高校学报和科技期刊的编排规范，向着编辑现代化的目标稳步迈进。经过多年的不懈努力，刊物的稿件质量、编校质量、印刷装帧质量有了显著提高，所发表论文的引用率和转摘率也持续呈现出较快的上升趋势。2000年以来，两次获得“中国学术期刊 <ref>[https://www.sohu.com/a/347746672_176877 学术期刊鉴别指南！]，搜狐，2019-10-17 </ref> 标准化优秀奖”；2006年获得上海市新闻出版局、上海市科委联合颁发的“编校质量优良期刊奖”； 2010、2015年荣获教育部“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖；2011年获中国高校科技期刊研究会第二届全国高师学报系统“十佳学报”和“十佳编辑部”称号。2013年7月获中国高校科技期刊研究会高师学报系统的“高校学科建设贡献奖”。2014年、2016年两度获得“上海市高校特色科技期刊”荣誉。在2019年的期刊编校质量检查中取得优秀的评价。

该刊在注意登载基础理论研究文章的同时，还较多地刊登了应用理论、应用技术、应用方法方面的论文 <ref>[https://www.sohu.com/a/357316065_100173505 什么叫论文，常见的论文类型有哪些？]，搜狐，2019-11-29</ref> 。十分注意保持与发扬师范特色，"教学研究"也是每期必开的传统栏目，体现了师范性，促进了教学改革。该刊坚持实行来稿三审制：编辑部初审，校内外专家二审，编委及编委会三审定稿。学报注意发挥老教授老专家的作用，发表了他们大量学术水准较高的论文。老教授深厚的学术功底，严谨的治学态度，真知卓识的学术观点，为中青年教师树立了榜样。在注意老教授传帮带作用的同时，特别注意中青年作者队伍的建设。据统计，中青年作者写的文章占总数80%以上。许多国内外知名的专家学者，当初的处女作就是由学报发表，开始在学术界形成一定影响的。该校理科各院、系、所、在有些领域某些专题的研究时间较长，学术功底较深，梯队结构合理，研究力量较强，因而成果较多，学报充分反映了这方面的情况。如该校食用菌研究，已从食用向药用方向发展。近年来，学报上已发表了一系列有关论文，引发了积极的反响。再如数学系图论方面的研究也在国内处于领先地位，单在该刊发表后被美国最权威文摘杂志《MathematicalReviews》评论过的图论文章就有16篇之多，在学术界有相当影响。