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'''侯世奎'''到达 [[ 延安 ]] 后，先入抗大学习，并接受组织审查。八路军领导机关确认他在被捕关押期间没有任何问题，是一个坚强的革命者，便派他赴山东敌后，任一一五师第七团第二营营长，开展抗日游击战争。在日本鬼子重重包围、国民党掀起反共潮、汉奸不时出没捣乱的严峻形势下，侯世奎及其所在部队在上级组织领导下，坚持开展敌后工作，出色完成任务。在[[甲子山]]、[[天宝山]]战役中，他们勇猛顽强沉重打击日本侵略军，扩大抗日根据地，得到上级表彰。在艰苦的斗争环境中，侯世奎坚持学习文化，行军途中每天识四、五个生字。被上级机关授予"文化学习模范营长"称号。这一时期侯世奎在其他方面均表现良好，得到上级领导器重，不断被委以重任。即于1943年夏任命他为山东纵队教导二旅六团副团长，1944年春调任 [[ 山东 ]] 滨海军区莒中独立团团长，1945年初升任滨海军区第一军分区副司令员。

1945年8月15日，日本帝国主义宣布投降，之后，侯世奎奉命率部进军东北，先后担任东北民主联军(为了保守军事秘密，八路军进入东北后统称为"东北人民自卫军")辽南纵队第五旅旅长、纵队副司令员和东北野战军第四纵队第十师副师长、师长及辽宁省东军区参谋长等职，参加了 [[ 本溪 ]] 、海城、梅河口战役和著名的辽沈、平津战役，因作战勇敢，曾多次受到上级通令嘉奖。

1949年 [[ 中华人民共和国 ]] 成立后，侯世奎调任甘肃省军区第一任参谋长，参与指挥甘肃地区的剿匪反霸斗争，为稳定甘肃局势、维护社会治安、进行土改做了大量工作。1952年，他被调任西北军区干部文化学校校长。1955年，侯世奎被授予少将军衔，荣获二级八一勋章、二级独立自由勋章、一级解放勋章。1961年，他又升任甘肃省军区副司令员，1966年离职休养。新中国成立后，侯世奎非常关心家乡的农业生产情况，在于1957年和1965年两次回临夏探亲期间，对家乡的农业生产和民兵建设给予了帮助指导。