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呂坤對官場黑暗深表不滿，称病退休。1618年病逝于家，之前将其未刊行的手稿焚烧。死后葬宁陵县东南<ref>[[清]]·[[张廷玉]]等，《[[明史]]》（卷226）：“初，坤按察山西時，嘗撰閨範圖說，內侍購入禁中。鄭貴妃因加十二人，且為製序，屬其伯父承恩重刊之。士衡遂劾坤因承恩進書，結納宮掖，包藏禍心。坤持疏力辨。未幾，有妄人為閨範圖說跋，名曰憂危竑議，略言：「坤撰閨範，獨取漢 明 德后者，后由貴人進中宮，坤以媚鄭貴妃也。坤疏陳天下憂危，無事不言，獨不及建儲，意自可見。」其言絕狂誕，將以害坤。帝歸罪於士衡等，其事遂寢。”</ref>。1621年追赠为刑部尚书<ref>[[清]]·[[张廷玉]]等，《[[明史]]》（卷226）：“坤剛介峭直，留意正學。居家之日，與後進講習。所著述，多出新意。初，在朝與吏部尚書孫丕揚善。後丕揚復為吏部，屢推坤左都御史未得命，言：「臣以八十老臣保坤，冀臣得親見用坤之效。不效，甘坐失舉之罪，死且無憾。」已，又薦天下三大賢，沈鯉、郭正域，其一即坤。丕揚前後推薦，疏至二十餘上，帝終不納。福王封國河南，賜莊田四萬頃。坤在籍，上言：「國初分封親藩二十有四，賜田無至萬頃者。河南已封周、趙、伊、徽、鄭、唐、崇、潞八王，若皆取盈四萬，占兩河郡縣且半，幸聖明裁減。」復移書執政言之。會廷臣亦力爭，得減半。卒，天啟初，贈刑部尚書。”</ref>。