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引物

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{| class="https://image.baidu.com/search/detail?ct=503316480&z=0&ipn=d&word=%E5%BC%95%E7%89%A9&step_word=&hs=0&pn=192&spn=0&di=7077213605308923905&pi=0&rn=1&tn=baiduimagedetail&is=0%2C0&istype=0&ie=utf-8&oe=utf-8&in=&cl=2&lm=-1&st=undefined&cs=3117997247%2C1029456094&os=3604257661%2C1641735679&simid=3364833447%2C339597834&adpicid=0&lpn=0&ln=1929&fr=&fmq=1651280487982_R&fm=&ic=undefined&s=undefined&hd=undefined&latest=undefined&copyright=undefined&se=&sme=&tab=0&width=undefined&height=undefined&face=undefined&ist=&jit=&cg=&bdtype=0&oriquery=&objurl=https%3A%2F%2Fgimg2.baidu.com%2Fimage_search%2Fsrc%3Dhttp%3A%2F%2Fbkimg.cdn.bcebos.com%2Fpic%2F21a4462309f79052792328f50ef3d7ca7bcbd539%26refer%3Dhttp%3A%2F%2Fbkimg.cdn.bcebos.com%26app%3D2002%26size%3Df9999%2C10000%26q%3Da80%26n%3D0%26g%3D0n%26fmt%3Dauto%3Fsec%3D1653872522%26t%3D4c24a95d3866f68514430cb98830bb40&fromurl=ippr_z2C%24qAzdH3FAzdH3Fkwthj_z%26e3Bkwt17_z%26e3Bv54AzdH3Ftpj4AzdH3F%25Ec%25BC%25lc%25E0%25bl%25AlAzdH3Fmnlcb08&gsm=c1&rpstart=0&rpnum=0&islist=&querylist=&nojc=undefined" style="float:right; margin: -10px 0px 10px 20px; text-align:left"|<center>'''引物'''<br><imgsrc="https://gimg2.baidu.com/image_search/src=http%3A%2F%2Fbkimg.cdn.bcebos.com%2Fpic%2F21a4462309f79052792328f50ef3d7ca7bcbd539&refer=http%3A%2F%2Fbkimg.cdn.bcebos.com&app=2002&size=f9999,10000&q=a80&n=0&g=0n&fmt=auto?sec=1653872522&t=4c24a95d3866f68514430cb98830bb40 " width="280"></center><small> 圖片來自百度</small> |}'''引物'''，是指在[[核苷酸]]聚合作用起始时，刺激合成的，一种具有特定核苷酸序列的大分子，与反应物以[[氢键]]形式连接，这样的分子称为引物。引物通常是人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补，另一个引物与[[靶区域]]另一端的另一条DNA模板链互补，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3'端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于[[聚合酶链反应]]、[[测序]]和[[探针合成]]等。 <ref>[[1周健民．土壤学大辞典：科学出版社，2013.10]] </ref>
*中文名:[[引物]]
*见载刊物:《[[生物化学与分子生物学名词]]》 科学出版社
*公布时间:2008年 <ref>[4https://baike.baidu.com/reference/6395871/726c9lTAZG_Fr29xAUeMqQphcgP4TtS1ttKr3K99uHmeiGWTXKgyRrOU2lWtXm-cDRODNAkuyNahSKexlYTaEwnr911查询，引用日期2021-07-07] </ref>
==类型==
PCR引物设计的目的是找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。如前述，引物的优劣直接关系到PCR的[[特异性]]与成功与否。对引物的设计不可能有一种包罗万象的规则确保PCR的成功，但遵循某些原则，则有助于引物的设计。
引物设计有 3 条基本原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引物不能在模板的非目的位点引发[[DNA聚合反应]](即错配)。具体实现这 3 条基本原则需要考虑到诸多因素，如引物长度（primer length），产物长度（product length），序列 Tm 值 (melting temperature)，引物与模板形成双链的内部稳定性(internal stability, 用 ∆G 值反映)，形成[[引物二聚体]](primer dimer)及发夹结构（duplexformation and hairpin）的能值，在错配位点（false priming site）的引发效率，引物及产物的GC 含量（composition），等等。必要时还需对引物进行修饰，如增加[[限制性内切酶位点]]，引进突变等。 <ref>[2[林万明．PCR 技术操作与应用指南．北京：人民军医出版社，1993]] </ref>
'''最佳区域'''
引物长度（primer length）常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq [[DNA聚合酶]]进行反应。
{| class="https://image.baidu.com/search/detail?ct=503316480&z=0&ipn=d&word=%E5%BC%95%E7%89%A9&step_word=&hs=0&pn=987&spn=0&di=7077213605308923905&pi=0&rn=1&tn=baiduimagedetail&is=0%2C0&istype=0&ie=utf-8&oe=utf-8&in=&cl=2&lm=-1&st=undefined&cs=3888617736%2C1146778003&os=2249154481%2C3378955975&simid=3454802098%2C4287630587&adpicid=0&lpn=0&ln=1929&fr=&fmq=1651280634686_R&fm=&ic=undefined&s=undefined&hd=undefined&latest=undefined&copyright=undefined&se=&sme=&tab=0&width=undefined&height=undefined&face=undefined&ist=&jit=&cg=&bdtype=0&oriquery=&objurl=https%3A%2F%2Fss0.baidu.com%2F94o3dSag_xI4khGko9WTAnF6hhy%2Fbaike%2Fs%3D220%2Fsign%3D1ce4f8c08db1cb133a693b11ed5456da%2Fc2fdfc039245d688fc73218ba4c27d1ed21b24af.jpg&fromurl=ippr_z2C%24qAzdH3FAzdH3Fkwthj_z%26e3Bkwt17_z%26e3Bv54AzdH3FetjoAzdH3Fncd9ba%25CB%25Dl%25Dc%25BDSEO%25CD%25Cc%25Bm%25Dn&gsm=3dc&rpstart=0&rpnum=0&islist=&querylist=&nojc=undefined" style="float:right; margin: -10px 0px 10px 20px; text-align:left"|<center>'''引物'''<br><imgsrc=" https://ss0.baidu.com/94o3dSag_xI4khGko9WTAnF6hhy/baike/s%3D220/sign=1ce4f8c08db1cb133a693b11ed5456da/c2fdfc039245d688fc73218ba4c27d1ed21b24af.jpg" width="280"></center><small> 圖片來自百度</small> |}
'''GC含量'''
引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成[[发夹结构]]（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自身不能有连续4个碱基的互补。
两引物之间也不应具有[[互补性]]，尤其应避免3′ 端的互补重叠以防止[[引物二聚体]]（Dimer与Cross dimer）的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。 引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话，应尽量使其△G值不要过高（应小于4.5kcal/mol，∆G 值是指 DNA 双链形成所需的自由能，该值反映了双链结构内部碱基对的[[相对稳定性]] ；<ref>[3[PCR 引物设计及软件使用技巧 张新宇，高燕宁* （中国协和医科大学中国医学科学院肿瘤研究所，北京]] </ref> ），否则易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR 反应不能正常进行。
'''5′ 端中间G值应较高3′ 端较低'''
●GC=30-75%.
●3'端最后5个 [[ 碱基 ]] 内不能有多于2个的G或C.
● [[ 正向引物 ]] 与 [[ 探针 ]] 离得越近越好，但不能重叠。
●PCR扩增产物长度： 引物的产物大小不要太大，一般在80-250bp之间都可；80～150 bp最为合适（可以延长至300 bp）。
●引物的 [[ 退火温度 ]] 要高，一般要在60度以上；
要特别注意避免引物二聚体和非特异性扩增的存在。
而且 [[ 引物设计 ]] 时应该考虑到引物要有不受 [[ 基因组DNA ]] 污染影响的能力，即引物应该跨 [[ 外显子 ]] ，最好是引物能跨外显子的接头区，这样可以更有效的不受基因组DNA污染的影响。
做染料法最关键的就是寻找到合适的引物和做污染的预防工作。对于引物，你要有从一大堆引物中挑出一两个能用的引物的思想准备---寻找合适的引物非常不容易。
关于BLAST的作用应该是通过比对，发现你所设计的这个引物，在已经发现并在GENEBANK中公开的全部物种基因序列当中，除了和你的目标基因之外，还有没有和其他物种或其他序列当中存在相同的序列，如和你的目标序列之外的序列相同的序列，则可能扩出其他序列的产物，那么这个引物的 [[ 特异性 ]] 就很差，从而不能用。
==设计软件==
● 已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列；
●按照不同的物种对MM子的偏好性设计 [[ 简并引物 ]] ；{| class=""https://image.baidu.com/search/detail?ct=503316480&z=0&ipn=d&word=%E5%BC%95%E7%89%A9&step_word=&hs=0&pn=319&spn=0&di=7077213605308923905&pi=0&rn=1&tn=baiduimagedetail&is=0%2C0&istype=0&ie=utf-8&oe=utf-8&in=&cl=2&lm=-1&st=undefined&cs=1426669710%2C8101400&os=8977218%2C655020840&simid=3334001421%2C84209601&adpicid=0&lpn=0&ln=1929&fr=&fmq=1651280634686_R&fm=&ic=undefined&s=undefined&hd=undefined&latest=undefined&copyright=undefined&se=&sme=&tab=0&width=undefined&height=undefined&face=undefined&ist=&jit=&cg=&bdtype=0&oriquery=&objurl=https%3A%2F%2Fgimg2.baidu.com%2Fimage_search%2Fsrc%3Dhttp%3A%2F%2Fwww.mianfeiwendang.com%2Fpic%2Fa6f8926fe5363f16aeb3b57b%2F1-306-png_6_0_0_135_588_590_344_892.979_1262.879-525-0-0-525.jpg%26refer%3Dhttp%3A%2F%2Fwww.mianfeiwendang.com%26app%3D2002%26size%3Df9999%2C10000%26q%3Da80%26n%3D0%26g%3D0n%26fmt%3Dauto%3Fsec%3D1653873396%26t%3D39af055d5c54c6aaa8849f7793290e87&fromurl=ippr_z2C%24qAzdH3FAzdH3Fooo_z%26e3B4twgujtojg1wg2_z%26e3Bv54AzdH3F15vAzdH3Fwmubldmujcnmnu8mwjknkc0k&gsm=140&rpstart=0&rpnum=0&islist=&querylist=&nojc=undefined style="float:right; margin: -10px 0px 10px 20px; text-align:left"|<center>''引物''''<br><imgsrc="https://gimg2.baidu.com/image_search/src=http%3A%2F%2Fwww.mianfeiwendang.com%2Fpic%2Fa6f8926fe5363f16aeb3b57b%2F1-306-png_6_0_0_135_588_590_344_892.979_1262.879-525-0-0-525.jpg&refer=http%3A%2F%2Fwww.mianfeiwendang.com&app=2002&size=f9999,10000&q=a80&n=0&g=0n&fmt=auto?sec=1653873396&t=39af055d5c54c6aaa8849f7793290e87 " width="280"></center><small> 圖片來自百度</small> |}● 对环型DNA片段，设计 [[ 反向PCR ]] 引物；
●设计 [[ 多重PCR ]] 引物；
●为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现；
Primer Premier 5.0 是一种用来帮助研究人员设计最适合引物的应用软件利用它的高级引物搜索引物数据库巢式引物设计引物编辑和分析等功能可以设计出有高效扩增能力的理想引物也可以设计出用于扩增长达50kb以上的PCR产物的引物序列。
该软件主要由GeneTank 序列编辑，Primer [[ 引物设计 ]] ，Align 序列比较，Enzyme [[ 酶切分析 ]] 和Motif [[ 基序分析 ]] 等几个主要功能板块组成。 '''视频''' '''引物设计，这里有你想要的''' {{#iDisplay:f0193caf2zd | 560 | 390 | qq }} ==参考文献=={{Reflist}}
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取自 "https://www.factpedia.org/wiki/Special:移动版差异/4170155"