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2001年, ， 朱經武的學術及科研生涯跨向另一領域, ， 他在香港科技大學董事會、前香港特首 [[ 董建華 ]] 等的力邀下( （ 允諾他 兼顧休士頓導實驗室)）,接任科技大學校長,另闢教育行政方面的傑出成就 ” 。 在一般觀念裡,大學是遠離塵囂的學術象牙塔, ， 然而到了二十世紀後半葉, ， 當全球化的腳步加速向前之際,美國的研究大學(ResearchUniversities)除了成為經濟待開發地區向已開發地區取經之地,並且也是全球各地農業社會的知識分子想要改善生活條件的一個跳板。二次大戰以來,美國大半的經濟成長都要歸功於科技發明,其間一個重要因素是出於聯邦政府對於教育的投資。到了二十世紀末,「科技」和「知識」已成為 一國未來成長與繁榮的鑰匙 。 ResearchUniversities 。ResearchUniversities 的重要性與日俱增, ， 已是舉世不爭的事實, ， 當2001年香港特首董建華邀請朱經武擔任科技大學校長時便表示, ， 香港受到大陸人工便宜的衝擊, ， 所以要發展科技, ， 充實科技大學的內涵, ， 進而推助香港科技工業方面的發展, ， 帶動香港經濟轉型, ， 這讓朱經武感覺一生中能有機會做點有意義的事, ， 所以答應前往香港就職。

朱經武接掌香港科技大學之後, ， 便赴世界各地徵才, ， 網羅卅餘國人十擔任教授，為了提高學生的素質, ， 他和香港七個大學的校長一同到大陸招生, ， 用高額獎學金挖角內地的狀元。在他第二個任期內, ， 朱經武創辦了高等研究院, ， 邀請優秀科學家長駐, ， 使其根留香港, ， 以期這顆昔日的東方明珠, ， 成為今下科學創新的平台。他在擔任科技大學校長期間, ， 除了充實科大的科學實力, ， 也努力向社會大眾推廣「科學」, ， 譬如參加電視劇「創新戰隊」的演出, ， 扮演戰隊領袖科技大俠石開武博士, ， 該劇在巴十上的頻道放映精華片段, ， 引起各階層對科學議題的廣泛討論。   若以有形的數據總結朱經武在科大八年的治校成績: ： 科大MBA企管碩士班在亞洲名列第一, ， 整個科大的名列全球第五十八, ， 他在任上的八年之中, ， 曾七度被票選為香港最佳校長<ref>[https://books.google.com.tw/books?id=eA1CDwAAQBAJ&pg=PA89&dq=%E6%9C%B1%E7%B6%93%E6%AD%A6+%E7%A7%91%E5%A4%A7&hl=en&sa=X&ved=0ahUKEwiJx7WZtpDhAhUO77wKHcNdChMQ6AEIJzAA#v=onepage&q=%E6%9C%B1%E7%B6%93%E6%AD%A6%20%E7%A7%91%E5%A4%A7&f=false 突破與瓶頸－－朱經武的高溫超導之路]誰與爭鋒:美國華人傑出人物.</ref>。