** 4月27日：熊本站至新水俁站段重開。至此九州新幹線全線恢復營運。然而一部分路段仍需慢駛運行，因此以减少了發車量的臨時時刻表運行<ref name="jiji20160427">{{Cite news |title=九州新幹線、全面再開＝主要交通網、ほぼ復旧―熊本地震2週間 |newspaper=Yahoo!ニュース |date=2016-04-27 |url=http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20160427-00000082-jij-soci |accessdate=2016-04-27 |agency=時事通信 |publisher=[[時事通信社]] |archiveurl=https://archive.is/20160427062358/http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20160427-00000082-jij-soci |archivedate=2016-04-27 }}</ref><ref>{{Cite press release |title=九州新幹線 全線運転再開について |publisher=国土交通省 |date=2016年4月26日 |url=http://www.mlit.go.jp/common/001129479.pdf |format=PDF |language=ja |accessdate=2016年5月10日 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20160429094354/http://www.mlit.go.jp/common/001129479.pdf |archivedate=2016年4月29日 |dead-url=no }}</ref>。

**4月28日：再次與山陽新幹線直通運行<ref name="chunichi20160428">{{Cite news |title=熊本地震、2週間で1000回　避難者なお3万人 |newspaper=中日新聞 |date=2016-04-28 |url=http://www.chunichi.co.jp/article/front/list/CK2016042802000268.html |publisher=中日新聞社 |accessdate=2016-05-24 |archiveurl=https://web.archive.org/web/20160429120236/http://www.chunichi.co.jp/article/front/list/CK2016042802000268.html |archivedate=2016-04-29 }}</ref>。

*2017年（平成29年）3月4日：受熊本地震影響而慢駛運行（熊本－新八代段一部分）解除，恢復原定速度運行<ref name="jrkyushu20161216">{{Cite press release|url=http://www.jrkyushu.co.jp/news/__icsFiles/afieldfile/2016/12/16/H29TimetableRevision.pdf|format=PDF|title=平成29年春ダイヤ改正について|work=|publisher=九州旅客鉄道|date=2016-12-16|accessdate=2016-12-16|archiveurl=https://web.archive.org/web/20200425074239/http://www.jrkyushu.co.jp/news/__icsFiles/afieldfile/2016/12/16/H29TimetableRevision.pdf|archivedate=2020-04-25|dead-url=no}}</ref>。

*2021年11月8日，九州新幹線從熊本站開往新八代車站的列車[[櫻花401號]]上午8時45分許發生縱火案，嫌犯很快被逮捕並承認自己是模仿犯罪，模仿的對象是[[京王線襲擊事件]]。<ref>{{cite news |title=日本九州新幹線遭縱火緊急停車 69歲男子涉案被逮 |url=https://news.ltn.com.tw/news/world/breakingnews/3729416 |accessdate=2021-11-08 |archive-date=2021-11-23 |archive-url=https://web.archive.org/web/20211123170248/https://news.ltn.com.tw/news/world/breakingnews/3729416 }}</ref>