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[[永祿]]元年（[[1558年]]）5月，在[[六角義賢]]（承禎）的支援下，同細川晴元一起遷往坂本，在這裡可以窺見京都。翌月[[如意岳之戰|在如意岳佈陣]]同[[三好長逸]]等作戰。由於受到六角義賢的志援，足利軍最早處於優勢；但後來三好長慶派弟弟[[三好義賢]]反攻，戰局逆轉。11月，在六角義賢的中介下，足利義輝與三好長慶達成和解，永祿5年回到京都，再開幕政。同年12月28日，迎娶伯父[[近衛稙家]]的女兒為正室。三好長慶在幕府中權傾一朝，擔任[[御相伴眾]]一職並被推薦為[[修理大夫]]，同時將三好氏的家臣安插擔任幕府的各個要職。足利義輝試圖奪回將軍的權力，多次暗殺三好長慶但皆失敗。