晴元一直利用義輝試圖牽制長慶，1561年在六角氏的介入下決定剃髮，於攝津富田隱居，1563年於此地死去，終年49歲。墓所在[[大阪府]][[高槻市]]慈雲山普門寺的宝篋印塔。法名為龍昇院心月一清大居士。

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