*[[1998年中華民國直轄市市長暨市議員選舉|1998年臺北市長選舉]]前，媒體影射他支持陳水扁競選市長連任，當時他接到匿名信，恐嚇在選舉結束後殺光他們一家人；選後隔天，鄰居看到有人想闖進中研院長官邸，打電話通報警衛，管委會主委一個月後才告訴李遠哲夫婦<ref>[http://www.appledaily.com.tw/appledaily/article/headline/20170126/37533795/ 李遠哲驚爆 遭田弘茂死亡威脅 2000年總統大選支持扁 挺蕭人士關切]蘋果日報</ref>。

*[[2000年中華民國總統大選]]投票前不久，李遠哲在3月5日公開發表《向上提升或向下沉沦》，後來又在3月10日組成[[國政顧問團]]公開支持[[陳水扁]]，為選戰投下震撼彈，被認定是[[泛綠聯盟|綠營]]獲勝的主因之一；當年[[田弘茂]]曾威脅李遠哲「不要插手政治，要是插手，一九九八年發生不愉快的事情會重演。」。

*2005年10月13日上午，李遠哲出席[[立法院]]科資委員會，進行施政報告並備詢；他在接受無黨籍[[立法委員]][[李敖]]質詢時指出，現在的執政者有二點作得不好：第一，是政策的精準度不足；也就是說，政策形成太過粗糙。另外一點，就是有些人的操守要更好才對。因為這兩點[[民進黨]]沒有作得更好，讓他感到失望。李遠哲認為：總統[[陳水扁]]如果要改革，就要真的好好推動，這才是老百姓希望看到的事。<ref>[http://www.nownews.com/2005/10/13/10844-1856111.htm ETtoday 五年前挺阿扁　李遠哲在李敖逼問下坦承：對民進黨失望]</ref>這是李遠哲首度表達對民進黨執政的不滿。李遠哲同時在答覆李敖對教改，沒能緩解升學壓力而在立法院公開道歉。<ref>[http://vip.book.sina.com.cn/book/chapter_83080_55565.html 逼李遠哲道歉]</ref>原文如下：

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