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2015年，周子瑜在韓國節目中，曾表示自己來自臺灣，並舉中華民國國旗<ref>{{cite news|title=子瑜拿台灣國旗 網友：聽見強國人玻璃心碎聲|url=http://ent.ltn.com.tw/news/breakingnews/1517000|accessdate=2016-05-30|date=2015-11-22}}</ref>。台灣[[親中共]]藝人[[黄安 (艺人)|黃安]]在[[微博]]上批評周子瑜舉[[中華民國國旗]]的行為，稱她為[[臺獨]]份子<ref>{{cite news|url=http://news.ltn.com.tw/news/politics/breakingnews/1574133|title=全民怒了！ 子瑜事件升高到國家層次|date=2016-01-16}}</ref>，要求她公開聲明自己是中國人。後續引起中國大陸網民對她的批判<ref>{{cite news|url=http://china.hket.com/article/1168956/%E9%BB%83%E5%AE%89%E8%BF%BD%E5%92%AC%E5%BE%97%E9%80%9E%EF%BC%9F%E4%BA%AC%E6%98%A5%E6%99%9A%E6%82%84%E6%92%A4%E3%80%8C%E5%A5%B3%E7%A5%9E%E3%80%8D%E5%91%A8%E5%AD%90%E7%91%9C%E7%85%A7%E7%89%87|title=子瑜揮青天白日滿地紅旗　遭黃安舉報撐台獨|publisher=東網|date=2016-01-08|language=zh}}</ref>，而使JYP娛樂在中國大陸的演出受到影響<ref>{{cite news|url=http://www.chinatimes.com/realtimenews/20160113004762-260404|title=爆周子瑜被安徽衛視退通告 JYP保護藝人拒還訂金|publisher=中時電子報|date=2016-01-13|language=zh-hant}}</ref>。2016年1月15日晚，JYP娛樂發表周子瑜道歉聲明及影片，周子瑜被要求在影片中道歉<ref>{{cite news|url=http://www.appledailytw.com/realtimenews/article/entertainment/20160115/776120|title=周子瑜道歉　黃安爽喊：爭取回認同祖國的好孩子|publisher=蘋果日報|date=2016-01-15|language=zh-hant|deadurl=yes|archiveurl=https://web.archive.org/web/20160220122239/http://www.appledailytw.com/realtimenews/article/entertainment/20160115/776120|archivedate=2016-02-20}}</ref>。由於事件恰逢臺灣舉行[[2016年中華民國總統大選]]，有評論稱此事件對選情影響極大<ref>{{cite news|title=周子瑜事件發酵　邱毅坦言：確實重創國民黨選情！|url=http://www.ettoday.net/news/20160116/631788.htm|agency=[[ETtoday 東森新聞雲]]|date=2016-01-16}}</ref><ref>{{cite news|title=TVBS民調：周子瑜至少催出50萬票|url=http://news.tvbs.com.tw/politics/news-636079/|agency=[[TVBS]]|date=2016-01-20}}</ref><ref>{{cite news|title=周子瑜事件 民調稱約影響1成選票|url=http://www.cna.com.tw/news/aipl/201601210169-1.aspx|agency=[[中央社]]|date=2016-01-21}}</ref>。

2016年3月20日，周子瑜到[[中華民國]][[臺南市]][[善化國小]]參加[[國民中學學生基本學力測驗|國中同等學力鑑定考試]]<ref>{{cite web|url=http://www.cna.com.tw/news/firstnews/201603205021-1.aspx|title=周子瑜完成學力考 出考場微笑說謝謝[影] - 重點新聞 - 中央社即時新聞 CNA NEWS|publisher=|accessdate=2017-04-21}}</ref> 。考場[[志工]]邀請子瑜在課桌椅上簽名供學校留念。校方將這張課桌展示在川堂上供小朋友圍觀<ref>{{cite web|url=http://www.appledaily.com.tw/realtimenews/article/new/20160321/820655/%E5%AD%90%E7%91%9C%E8%80%83%E5%BE%8C%E7%B0%BD%E5%90%8D%E6%A1%8C%E3%80%80%E6%88%90%E6%A0%A1%E5%9C%92%E5%B1%95%E7%A4%BA%E5%93%81|title=【更新】子瑜考後簽名桌　成校園展示品 - 即時新聞 - 20160321 - 蘋果日報|publisher=|accessdate=2017-04-21}}</ref> 。臺南市議員[[王家貞]]要求將之恢復原狀，抨擊善化國小此舉是不當教育示範、引導學生破壞校園公物，並批評民進黨藉此事操弄議題<ref>{{cite web|url=http://news.tvbs.com.tw/politics/news-645853/|title=子瑜課桌簽名　議員王家貞扯上藍綠引論戰│TVBS新聞網|first=|last=TVBS|publisher=|accessdate=2017-04-21}}</ref>。[[臺南市政府教育局]]3月30日公布成績結果，周子瑜通過國中同等學力鑑定考試。<ref>{{cite web|url=http://boe.tn.edu.tw/boe/wSite/ct?xItem=6481&ctNode=434&mp=20|title=105年度自學進修國民中小學級畢業程度學力鑑定考試成績結果|first=|last=社會教育科|date=2016-03-30|publisher=|accessdate=2017-04-21}}</ref>。因應韓國首爾市教育廳推出的「廢除入學時間限制」新法案<ref>{{cite web|url=http://news.china.com.cn/world/2015-04/20/content_35366792.htm|title=韩国废除高中入学时间限制 5月入学不再是难题_新闻中心_中国网|first=|last=郭素萍|publisher=|accessdate=2017-04-21}}</ref>，周子瑜在4月11日參加高中入學考試後，順利入讀[[首爾]][[翰林演藝藝術高中]]實用音樂科，成為[[TWICE]]隊友[[多賢]]、[[彩瑛]]的同校生，她們在宿舍內也是室友。<ref>{{cite web|url=http://star.ettoday.net/news/679191|title=TWICE子瑜考上韓高中！　月中入學翰林藝高音樂科 - 娛樂星光雲 - ETtoday東森新聞雲|publisher=|accessdate=2017-04-21}}</ref>在第二年（2017年），周子瑜和彩瑛是同班同學。