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2016年3月20日，周子瑜到[[中華民國]][[臺南市]][[善化國小]]參加[[國民中學學生基本學力測驗|國中同等學力鑑定考試]]<ref>{{cite web|url=http://www.cna.com.tw/news/firstnews/201603205021-1.aspx|title=周子瑜完成學力考 出考場微笑說謝謝[影] - 重點新聞 - 中央社即時新聞 CNA NEWS|publisher=|accessdate=2017-04-21}}</ref> 。考場[[志工]]邀請子瑜在課桌椅上簽名供學校留念。校方將這張課桌展示在川堂上供小朋友圍觀<ref>{{cite web|url=http://www.appledaily.com.tw/realtimenews/article/new/20160321/820655/%E5%AD%90%E7%91%9C%E8%80%83%E5%BE%8C%E7%B0%BD%E5%90%8D%E6%A1%8C%E3%80%80%E6%88%90%E6%A0%A1%E5%9C%92%E5%B1%95%E7%A4%BA%E5%93%81|title=【更新】子瑜考後簽名桌　成校園展示品 - 即時新聞 - 20160321 - 蘋果日報|publisher=|accessdate=2017-04-21}}</ref> 。臺南市議員[[王家貞]]要求將之恢復原狀，抨擊善化國小此舉是不當教育示範、引導學生破壞校園公物，並批評民進黨藉此事操弄議題<ref>{{cite web|url=http://news.tvbs.com.tw/politics/news-645853/|title=子瑜課桌簽名　議員王家貞扯上藍綠引論戰│TVBS新聞網|first=|last=TVBS|publisher=|accessdate=2017-04-21}}</ref>。[[臺南市政府教育局]]3月30日公布成績結果，周子瑜通過國中同等學力鑑定考試。<ref>{{cite web|url=http://boe.tn.edu.tw/boe/wSite/ct?xItem=6481&ctNode=434&mp=20|title=105年度自學進修國民中小學級畢業程度學力鑑定考試成績結果|first=|last=社會教育科|date=2016-03-30|publisher=|accessdate=2017-04-21}}</ref>。   因應韓國首爾市教育廳推出的「廢除入學時間限制」新法案<ref>{{cite web|url=http://news.china.com.cn/world/2015-04/20/content_35366792.htm|title=韩国废除高中入学时间限制 5月入学不再是难题_新闻中心_中国网|first=|last=郭素萍|publisher=|accessdate=2017-04-21}}</ref>，周子瑜在4月11日參加高中入學考試後，順利入讀[[首爾]][[翰林演藝藝術高中]]實用音樂科，成為[[TWICE]]隊友[[多賢]]、[[彩瑛]]的同校生，她們在宿舍內也是室友。<ref>{{cite web|url=http://star.ettoday.net/news/679191|title=TWICE子瑜考上韓高中！　月中入學翰林藝高音樂科 - 娛樂星光雲 - ETtoday東森新聞雲|publisher=|accessdate=2017-04-21}}</ref>在第二年（2017年），周子瑜和彩瑛是同班同學 。2019年和同團成員孫彩瑛一同參加首爾翰林藝術高中畢業典禮，日後將專注於演藝事業，決定暫時不升學<ref>https://news.tvbs.com.tw/entertainment/1082003 子瑜高中畢業不升學了　決心拚事業圓夢]，TVBS，2019/02/13。</ref> 。