由于女真和明朝在政治、经济等方面的关系，比以往任何时期都要密切，来往更为频繁。因此，[[东北]]地区的水陆交通也随之发展起来了。[[明朝]]在蒙元设置驿站的基础上，大力扩建和新建驿站，延长或新辟驿站的线路，据《[[辽东志]]》记载，当时从辽东通往东北各地区共有六条交通干线，开原城是六条干线的起点。东到朝鲜，西达蒙古，东北抵达特林地区的满泾；西北通往满洲里以北，形成四通八达的驿站交通网。特别是对黑龙江、松花江一带，明廷为了保证辽东同奴儿干地区的交通运输，永乐十年（1412年）自松花江到黑龙江下游，就设了满泾等四十五站。永乐十八年（1420年）又在吉林的松花江畔建立了造船厂，担负“造船运粮”和运送军队的任务。正因为明朝积极发展东北地区的交通运输，增设驿站，建立船厂，更加强了女真和辽东及中原地区的联系。然而明朝中期以后国力衰退，无力再维持对北方边疆的统治，1435年（明宣德十年），奴儿干都司被撤销，但下属的卫所则继续存在。随着鞑靼和女真的兴起，明朝在东北地区的有效控制区退缩到辽东地区。

16世纪末，女真再次勃兴强大。1616年建州女真领袖[[爱新觉罗·努尔哈赤]]在赫图阿拉称大汗，重建大金国，史称“后金”。在和明朝的战争中夺取了[[辽宁]]，迁都[[沈阳]]。天聪十年（1636年）四月，[[皇太极]]改国号为“大清”，改女真族号为“满洲”。1644年[[明朝]]灭亡后，清军大举入关，统一全国。满族取得政权以后，以东北为“龙兴之地”，定盛京为“陪都”，对东北实行“特别之制”的治理办法。从17世纪中叶起，沙俄侵略军越过[[外兴安岭]]，侵入中国[[黑龙江]]流域，烧毁村庄，杀掠人口，无恶不作。抢夺粮食和貂皮。之后清军与[[俄罗斯]]多次爆发冲突或战争，直到1685年[[雅克萨之战]]后，在[[康熙帝]]的授意下清军乘胜求和签约。于 1689年签定《[[中俄尼布楚条约]]》(尼布楚议界条约)，在条约签订之前，清朝在东北地区疆域西括内[[外蒙古]]，尽有中、东西伯利亚，东临太平洋，包括库页岛、千岛群岛，北滨北冰洋，东北方向直到堪察加半岛和白令海峡。1689年《[[尼布楚条约]]》后割让给沙俄额尔古纳河以西和外兴安岭以北，东北地区疆域退至外兴安岭、乌第河、贝加尔湖南岸一线以南地域。清末中国衰弱，第二次鸦片战争中俄国掠去了外兴安岭以南，[[黑龙江]]以北、[[乌苏里江]]以东包括库页岛，八国联军侵华战争中血洗江东六十四屯。东北版图最后缩至今日模样。沙俄在东北共攫取了十余个江苏省面积的领土！