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2002年蕭亞軒與演員隆宸翰墜入愛河，但男方卻劈腿與蕭亞軒的好友[[侯湘婷]]在一起，蕭亞軒曾向週刊透露把好姊妹侯湘婷視為乾妹妹，會介紹周邊朋友給乾妹妹、帶乾妹妹去買衣服，尷尬的是，某一天找不到男友，連乾妹妹也聯絡不上，「我衝到那女生家，發現男生穿著我送他的衣服，拿著我送他的手機，而女生穿著我陪她去買的衣服。」據週刊比對後發現疑似是指侯湘婷和隆宸翰，這段三角感情不到半年告終。

2003年跨年派對上，她認識了王陽明（演員），兩人戀情維持了3年，2005年3月宣布分手，數月後又複合，直到2006年才徹底斷絕來往；當時為了王陽明，蕭亞軒中斷事業，飛往紐約當個小女人，但卻換來男友劈腿的下場，她說自己沒辦法對男生一直擠乳溝，然後說出『我比她年輕，我胸部比她大』這種話，感情受創後黯然飛回溫哥華自閉療傷。雖然兩人早就分手，但蕭亞軒仍認為王陽明是她交往過最刻骨銘心的對象，曾經為他放棄了好萊塢電影《藝妓回憶錄》演出的大好機會。