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2000年，袁家军任命为神舟号飞船系统[[总指挥]]。为了吃透飞船技术方案，了解各种技术流程，原来从事结构机械研究的他从承担任务伊始就致力于成为飞船专家。凡是对项目有重大影响的环节和系统他都能准确地把握住，并且力争做好每个环节的协调。总指挥的另一个职能便是要了解到哪些人是型号研制中的主要角色，同时用现代的知识管理“经营”大家的情绪，他深谙“上下同欲则胜”的要领，并从中总结出一套理论--工作效率等于人的智力乘以情绪，飞船是一项极具创造性的工作，一定要创造气氛，让唱主角的同志心情舒畅，让唱配角的同志明白自己在系统中也须臾不可缺，这样整个团队才会和谐地朝着共同的目标奔。为了“经营”好情绪，袁家军的一个得意法宝便是召开非常规范的调度会，认真倾听一线人员的心声，全面动态掌握型号进展过程中的主要问题、短线及薄弱环节。他组成“特别任务组”，坚持召开了120多周调度会，以载人航天为最终目标，打破行政界线，使工作效率大大提高。在袁家军及其伙伴们的忘我工作下，“神舟”三号试验飞船于2002年3月25日在酒泉卫星发射中心发射成功。[[江泽民]]等党和国家领导人对“神开号”三号试验飞船成功发射给予了高度评价<ref>[http://www.cdgdc.edu.cn/xwyyjsjyxx/xw30/jzssn/yxxwhdz/271310.shtml 袁家军: 中国航天人的杰出代表]，教育部学位与研究生教育发展中心，2014-10-01</ref>。

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