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他坚决贯彻执行军队建设指导思想的战略性转变、改革军队体制、精简整编、建立新军衔制和各种条例法规、改进政治思想工作、加强基层建设、组建武装警察部队、加强后勤建设、调整国防工业体制、加速实现武器装备现代化等一系列重大措施，保证人民解放军走上和平时期建设现代化、正规化革命军队的轨道。

杨尚昆根据党中央对国际形势的正确分析和判断，积极贯彻邓小平关于新时期军队建设的指导思想。他强调，全军要认真学习和领会邓小平建设有中国特色社会主义理论；在党和国家工作重点转移到以经济建设为中心的新的历史时期，军队要坚决支持国家集中力量进行经济建设，同时也要大力加强国防建设，保持一支常备不懈的、战斗力很强的人民军队，为国家经济建设和改革开放提供安全保障。他指出，军队建设要以现代化为中心、以战斗力为标准，加强军事训练；要重视经略海洋，维护海洋权益，加强对海岛、海岸线的实际控制，以捍卫国家主权和领土完整。他和中央军委其他领导人一道，具体组织合并大军区，组建集团军，调整军事院校，创办国防大学，加强海空军、战略导弹部队、民兵和预备役部队的建设，突出重点，建立过硬的“拳头”部队，使军队建设和国防建设取得了重大成就。

杨尚昆坚决贯彻执行邓小平关于坚持党对军队的绝对领导的思想，始终不渝地加强军队中党的政治建设和组织建设。他强调必须从军队实际出发，贯彻执行党中央关于整党的决定，领导军队的整党工作，增强党的凝聚力。在他主持下，中央军委《关于新时期军队政治工作的决定》明确规定了新时期军队政治工作的指导思想和主要任务，指出“政治工作是军队的生命线，生命线的真正含义是在建设现代化军队和完成各项任务中发挥‘保证’和‘服务’的作用”。

在1982年和1987年召开的中共第十二次、第十三次全国代表大会上，杨尚昆当选为中央委员，在第十二届一中全会和第十三届一中全会上当选为中央政治局委员，继续担任中央军委常务副主席兼秘书长。他作为以邓小平为核心的第二代中央领导集体的重要成员，参与党和国家各项重大决策，为新时期社会主义现代化建设和改革开放事业作出了重大贡献。

在1983年召开的第六届全国人大第一次会议和1988年召开的第七届全国人大第一次会议上，他被任命为国家军委副主席。在1989年11月中共十三届五中全会上，他完全赞成邓小平的意见，维护和支持以[[江泽民]]为核心的第三代中央领导集体，对以邓小平为核心的第二代中央领导集体向以江泽民为核心的第三代中央领导集体顺利过渡，发挥了重要作用。在这次中央全会上，他被任命为中央军委第一副主席，协助中央军委主席江泽民主持中央军委的日常工作。他认真贯彻党中央的指示精神和中央军委主席的意图，兢兢业业地组织和实施军队各方面的工作，保持了军队建设的连续性和稳定性。

杨尚昆坚决贯彻党中央关于“和平统一、一国两制”的方针，积极开展对台湾当局和台湾人民的工作，以各种方式推进祖国的和平统一事业<ref>[http://paper.people.com.cn/rmrb/html/2007-07/21/content_13456281.htm， 在纪念杨尚昆同志诞辰一百周年座谈会上的发言]，人民网，滕文生，二〇〇七年七月二十日</ref>。他广交朋友，团结和争取大量港、澳、台和海外爱国知名人士。他在会见这些人士时指出：海峡两岸虽然因历史原因隔绝了几十年，但祖国的统一是大势所趋、人心所向，台湾的出路在于祖国统一，“一国两制”是实现祖国统一的最好办法；如何实现“一国两制”，应由国共两党平等地坐下来商谈。他呼吁[[台湾]]当局顺应民心，以实际行动化解敌意，消除障碍，促进两岸人员交往和经济合作，使两岸关系有一个新的发展。他的讲话，在海内外产生了广泛影响。 1988年4月，在第七届全国人大第一次会议上，杨尚昆当选为中华人民共和国主席。他不辞辛劳，深入调查研究，坚持到工厂、农村、部队、建设工地和经济开发区视察，关心人民群众疾苦，广泛听取干部群众和各界人士意见，了解经济发展和改革开放的进程，指导工作，解决问题。

他同党和国家其他领导人一道，处理了发生在1989年春夏之交的政治风波，维护了国家的独立、尊严、安全和稳定。他密切关注国际形势的发展与变化，参与制定和调整新时期的国家外交政策，同时承担繁重的外事活动，会见了来访的许多外国领导人和民间重要人士，并先后出访[[亚洲]]、[[非洲]]和[[拉丁美洲]]许多国家，向世界各国阐明中国独立自主的和平外交政策，介绍中国改革开放和社会主义现代化建设的巨大成就，进一步增进了中国政府和各国政府、中国人民和世界人民之间的了解和友谊，为提高中国的国际地位，为维护世界和平和人类进步事业，做了大量工作，赢得了国际社会的尊敬和信任。

　　1992年10月和1993年3月，杨尚昆以实际行动响应邓小平关于废除领导干部职务终身制的号召，先后从中共中央政治局委员、中央军委副主席和国家主席的领导岗位上完全退下来，但他仍然关注国家社会主义现代化建设事业和祖国统一大业，对祖国的繁荣富强、兴旺发达和完全统一寄予厚望。