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2007年武夷山已知植物3728种。种子植物类数量在中亚热带地区位居前列，有中国特有属27属31种，许多如银杏等为单种属孑遗植物3728种。种子植物种类数量在中亚热带地区位居前列，有中国特有属27属31种，许多如银杏等为单种属孑遗植物；截止至2007有28种珍稀濒危种列入《中国植物红皮书》，如鹅掌楸、银钟树、南方铁杉、观光木、紫茎等。武夷山兰科植物尤其丰富，已知有32属78种，宽距兰，多花宽距兰为中国新记录种，盂兰为福建省公布新记录。而蕨类就有14个，如武夷山铁角蕨、武夷蹄盖蕨、武夷耳蕨、武夷假瘤足、武夷粉背蕨、武夷凸轴蕨等以"武夷"作为种加词的就达6种之多。武夷山的古树名木具有古、大、珍、多的特点，如武夷宫880年树龄的古桂、坑上980年树龄的南方红豆杉等，具有极高的科研和保存价值。

2007年武夷山已知的动物种类有5110种，其中：哺乳纲71种，鸟纲256种，鱼纲40种，两栖纲35种，爬行纲73种，昆虫已定名4635种（其中有700余个新种，20种中国新记录）。在动物种类中尤以两栖、爬行类和昆类分布众多而著名于世，中外生物学家把武夷山称为"研究两栖、爬行动物的钥匙"、"鸟类天堂"、"蛇的王国"、"昆虫世界"。到2011年已列入国际《濒危物种国际贸易公约》（CITES）的动物有46种，黑麂、金铁豺、黄腹角雉等11种列入一级保护。属中日、中澳候鸟保护协定保护的种类有97种。中国特有野生动物49种，崇安髭蟾（角怪）、崇安地蜥、崇安斜鳞蛇、挂墩鸦雀更为武夷山所特有。