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阿尔金山脉西高东低，一般海拔3500至4000米，最高峰为肃拉穆塔格峰，海拔6295米，位于新疆南部苏拉木塔格山的主脊。阿尔金山山体两翼不对称，北坡相对高度可达2500米以上，南坡地势缓和，高差小。
山脉的气候十分干燥。3000米中山带年降水量在100毫米以下，山坡上干燥剥蚀强烈，形成黄土状物质堆积；3500米的亚高山带 <ref>[http://xuewen.cnki.net/R2012060420000132.html 亚高山带]，中国知网</ref> 年降水量稍增，但仍然干旱；4000米的高山带干旱寒冷，寒冻风化强烈；5500米以上的山峰终年积雪和有现代冰川发育。
河流水量主要靠冰雪融水补给，水量不大；山系跨越青海、甘肃和新疆三个省区。
山峰高度在5200-5828米之间，主峰区沿山脊线两侧分布着近30座海拔5000米以上的山峰，山脊两侧发育着31条现代冰川，其中北坡冰川有20条。萨木萨克沟冰川有17条。
10号冰川为本区最大的冰川，其长度3.8公里，冰川末端海拔4520米，冰川粒雪线 <ref>[http://www.dili360.com/nh/article/p5350c3d797c3179.htm 雪线 摇摆的边界]，文章出自：博物 2013年第05期 作者： 黄英 </ref> 海拔为4840米。主峰阿尔金山位于南坡5号冰川两粒雪盆结合处的后壁。
在萨木萨克沟南侧10号冰川粒雪盆的后壁上，另有一座5782米的高峰与东侧主峰相对，二者相距6000米，相对高差46米。萨木萨克谷地，东高西低，海拔4200-4400米，为河流形成区，该沟向北穿越中列山地中部断裂后汇入青石沟，是青石沟的上源。