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分布在高山草原、寒漠区域内的鸟类，种类最普遍，数量最多的是[[褐背地鸦]]、[[棕颈雪雀]]、[[棕背雪雀]]、[[白腰雪雀]]、[[褐翅雪雀]]、[[藏雪鸡]]和[[西藏毛腿沙鸡]]等几种鸟类。其中冬季藏雪鸡向藏南方向迁徙转移，西藏毛沙鸡则迁至4000米以下，它们经常出没于旱獭和鼠兔的弃洞，以躲避敌害和不良天气或利用为巢穴，这种“鸟鼠同穴”现象，在高原上十分普遍。

纳木错湖区水禽很多，其中最普遍且数量占优势的是留居鸟，主要有[[棕头鸥]]、[[斑头雁]]、[[赤麻鸭]]、[[燕鸥]]。在高海拔山地，鸟类一般稀少，但能生活于此的种类，均有高度的适应能力。[[黑颈鹤]]是纳木错沼泽地惟一的鹤类，在高原腹心和北部繁殖，在雅鲁藏布江中游谷地及其南部喜马拉雅南麓、滇西北横断山区和贵州高原西北草海一带越冬。西藏雪鸡可作为高原的代表，常在高山草甸、灌丛带栖息，浅灰的毛色与岩块相似，不易发现，以高山植物嫩叶和花为食，并能在冰川和永久积雪带附近活动，冬季不作垂直迁徙，对严寒无所畏惧，在积雪山地随[[岩羊]]、[[盘羊]]踩开的地方觅食。[[红嘴山鸦]]、[[黄嘴山鸦]]、[[胡兀鹫]]、[[岩鸽]]、[[雪鸽]]等均为高山常见鸟类，可在高山岩隙中营巢。两栖类和爬行类动物在该区域内分布比较稀少，种类非常有限。

湖中，产细鳞鱼和无鳞鱼。湖中鱼类主要是鲤科的[[裂腹鱼]]和鳅科的[[条鳅]]。裂腹鱼一般可长到一二千克，大的可长到七八千克甚至几十千克。这些鱼是200万年以来，由这里原有的鱼类，随着地壳的隆起，适应高原的特殊环境，逐步变异演化而来的。有些鱼至今还保留着头大尾短的原始特征。