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→美军情报准备、珊瑚海海战影响
得悉情报后，尼米兹判断日军即将派出两艘至四艘航母及登陆部队进攻[[莫尔斯比港]]，但美军的四艘航母却有两艘（企业号和大黄蜂号）前往空袭东京，只有列克星敦号和[[约克城号]]可供调遣。纵然形势不利，尼米兹决意派出两舰迎击，并在4月24日飞往旧金山与金恩商讨作战方案。当日珍珠港进一步破译日军通讯，准确指出日本航母将在5月3日左右进入珊瑚海，而登陆舰队则会在5月10日进攻莫尔斯比港。
5月4日至5月8日，珊瑚海海战爆发 <ref>[http://www.sohu.com/a/201791842_637804 太平洋战争第五部之珊瑚海海战（七） ]，搜狐网 2017-11-02 11:02</ref> 。美军虽然在海战损失了列克星敦号，而约克城号亦遭到重创，却成功阻止MO作战。井上成美被迫撤回登陆部队，祥凤号被击沉，[[翔鹤号]]遭到重创，[[[[瑞鹤号]]]]亦损失过半舰载机。由于日本海军把飞行机队和所属航母视为一体，没有把机队整编到另一艘航母的习惯（比如用翔鹤号的舰载机和机师填补瑞鹤号的空缺），使翔鹤号和瑞鹤号都无法参与6月的MI作战。另外，井上成美因为撤出战场而无法确定战果，使得联合舰队司令部震怒。倘若美军确实在珊瑚海失去两艘航母，那么MI作战的目标就已经达成一半。虽然山本五十六在检视[[翔鹤号]]（5月17日返抵吴市）的伤势后对井上成美的决定有所改观，但碍于MI作战已经箭在弦上，联合舰队只能用四艘航母进攻中途岛。
另一方面，美军在珊瑚海海战期间又在破译JN-25上取得突破，并得悉日本海军即将进攻[[中途岛]]和[[阿留申群岛]]。5月7日和8日，珍珠港情报站先后截获“第一航空战队”（[[赤城号]]、[[加贺号]]）、“第二航空战队”（[[苍龙号]]、[[飞龙号]]）、“第三战队两艘战列舰”、“第八战队”（重巡洋舰[[利根号]]、[[筑摩号]]）准备在5月底行动。情报站同时透过通信流量，发现日军正向[[塞班岛]]集结，预备向“AF方位”进攻。罗彻福特率领的破译人员一致认为“AF方位”是指中途岛。他们早在3月就曾经破译一架日本水上飞机的通讯：该架飞机向基地汇报中途岛附近天气时，表示自己正在飞越“AF”地区。然而珍珠港情报站的直辖上司[[约翰·R·列德文]]（主理华盛顿OP-20-G办公室）却提出异议，认为“AF方位”是指斐济和萨摩亚，并获得[[金恩]]和海军部附议。自珍珠港事件后，OP-20-G便经常和珍珠港情报站有所摩擦。列德文认为罗彻福特应该先向自己汇报，而不是透过中介参谋向尼米兹直接提供情报；罗彻福特则认为列德文不懂得破译和处理情报。