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清朝康熙年间，学者[[徐乾学]]和[[高士奇]]等人在皇史宬中发现了《永乐大典》副本，已有残缺。雍正间，这部副本被运到翰林院保存了起来。学者[[全祖望]]猜测永乐正本应该还在[[乾清宫]]中，希望能用正本来配补遗失的副本。清末的[[缪荃孙]]也执相同看法，并且明确说，正本是在嘉庆年间乾清宫大火中被焚毁了。可是乾隆间编纂《天禄琳琅书目》时并没有记载正本的存在。而且乾隆皇帝在编纂《 [[ 四库全书 ]] 》时，还寻找过丢失的副本，负责辑佚《永乐大典》的馆臣们也没有见过正本。所以正本毁于乾清宫大火的说法应该是靠不住的。