日喀则有河流100余条，西藏第一大河雅鲁藏布江发源于日喀则市 [[ 仲巴县 ]][[ 杰马央宗冰川 ]] ， [[ 年楚河 ]] 是另一条重要的河流，发源于 [[ 康马县 ]] ，经江孜、白朗在日喀则汇入雅鲁藏布江。 大小湖泊40多个，大多是咸水湖或盐湖，湖水含盐、硼、钙、钠等矿物质成分，在 [[ 喜玛拉雅山脉 ]] 的雪峰冰川区，还有冰川湖、冰碛湖，其中 [[ 长芝冰川 ]] 附近有一小湖，海拔6116米，被列为世界“悬湖”之最。