万历二十五年（1597年）二月，[[日本]]丰臣秀吉再次侵入[[朝鲜]]，兵部尚书邢玠为经略，发兵出援；升王士琦为[[山东]]参政衔监军，与总兵[[刘綎]]领兵2万自四川赴朝。十一月，邢玠兵分三协，阻挡倭寇东西中三路。西路倭据栗林、曳桥险地，邢玠命刘綎陆军、总兵陈璘水军进攻，王士琦兼监两军。因中路董一元败溃，影响全局，刘綎进攻失利，有人劝暂退全州。王士琦说，强敌在前，只有进死无退生。怒缚中军。刘綎惧，力战破敌，倭退不敢出。包围栗林十余日，倭向头目平义智求救，王士琦令陈璘水师伺于海，陆师攻夺曳桥，乘胜攻克栗林 <ref>[http://www.wwdoa.com/2020/0303/41843.html 浙江台州临海章安王氏家族]，世界王氏网，2020-03-03</ref> 。援朝之战结束，升[[河南]]左布政使。万历四十四年（1616年），任右副都御史，巡抚[[大同]]。著有《东征纪略》。

几年前，过访[[临海市博物馆]]丁伋先生，聊起王士琦，丁先生示以他的《王士琦抗倭援朝功绩考述》一文的稿样，又有一份据《章安王氏宗谱》整理出来的王士琦抗倭援朝史料。这对研究当时那一场抗倭战争，提供了第一手的资料 <ref>[http://www.docin.com/p-2009557301.html 临海人王士琦----援朝抗倭英雄 ]，豆丁网</ref> 。王士琦不仅有勇有谋，文才武略，实乃慷慨悲之士，他在军中和朝鲜军民的心目中，威望远在刘綎、[[陈璘]]二将之上。虽然如此，他却不肯居功，这一点从他在国内并不著称，而在朝鲜则享誉隆重的情况，也可以反映出来。当然，封建时代，李广难封之类，并不少见。